Bu ayki sayımızda üniversite hocalarımızdan Gökhan Bakal ve üniversite öğrencilerimizden Ali Akkaya ile birlikte geliştirdikleri proje hakkında bir röportaj gerçekleştirdik.
Okul gazetemiz AGÜ News’e hoş geldiniz. Öncelikle bize kendinizi tanıtır mısınız?
Merhaba, Adım Mehmet Gökhan Bakal. Abdullah Gül Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği bölümünde yaklaşık 3 yıldır doktor öğretim üyesi olarak görev alıyorum. Öncesinde yurt dışı maceram oldu. Yüksek lisans ve doktoramı Amerika Birleşik Devletleri’nde Kentucky Üniversitesinde bilgisayar bilimleri üzerine tamamladım. Onun akabinde AGÜ ile yollarımız kesişti ve 2020’den beri öğretim üyesi olarak görev alıyorum. Çalışma alanlarım veri ve metin madenciliği, biyoinformatik ve sosyal medya analizi konularıdır. Projemizin ismi ilaç yorumları üzerinden, ilaç yeniden konumlandırma çalışması. Tam anlamıyla benim bir diğer ilgi alanım olan biyoinformatik ile birebir ölçüşen bir çalışma. Çünkü o alandan da tamamıyla kopmak istemiyorum bu noktada projemizin en önemli noktası. Çünkü bir ilaç geliştirmek aslında. Farmakolojik açıdan çok maliyetli. Hem bütçe açısından hem de zamansal açıdan çok ciddi bir maliyeti var. Uzun yıllar sürüyor bir ilacın keşfedilmesi, onay mekanizmalarından geçmesi noktada bu süreyi kısaltabilmek adına hesaplamalı birimler üzerinden acaba en uygun adayları çıkartabilir miyiz? Usulün kısalması açısından. Çünkü yapılan birçok denemelerde sonuçlar genellikle olumsuz oluyor. Alakasız bir ilaç çifti denenmiş oluyor hastalıklar. En azından hem gelecek vaat eden ilaçları biz ortaya çıkartabilirsek öğrenci olarak bu süre kısalacaktır diye düşünüyoruz.
Bu noktada da işte hesaplara da bir bilim üzerinden özellikle graf temelde bir yaklaşımla ilaçların ve hastalıkların benzerliklerini dikkate alarak nihai olarak üstünde çalışılabilir, ilaç çiftleri hastalık çiftleri oluşturulmayı hedefliyoruz. Projemizin de kabataslak detayı bunun üzerinde gerçekleşecek. Ve yine TÜBİTAK 2209-A programı üzerinden başvurduk lisans öğrencileri araştırma projelerini destekleme programı ile yine bu da hakemlerin takdiriyle de desteklenmeye değer bulundu. Buradaki en önemli nokta aslında hem bu proje için hem de diğer proje için söylemek gerekirse Lisans seviyesinde eğitim alan arkadaşların aslında akademiye girmiş olmaları, akademik çalışma yapma konusunda tecrübe kazanmaları. Buradaki en önemli hedeflerden biri de bu genel olarak anlatacaklarım bunlar. İsterseniz öğrenci arkadaşı da verebiliriz. Eğer sorunuz yoksa.
Ali sen kendini tanıtabilir misin Projede bu süreç nasıl işledi? Gökhan Hoca'yla birlikte olmak, süreci yönetmek nasıldı?
O zaman şöyle başlayayım. İlk başta kendimi tanıtayım. Ardından nasıl bir fikir ortaya çıktı Gökhan Hoca'yla nasıl başladık, sonra şimdiye kadar neler yaptık, daha son bu projenin yapmak bana neler kazandırdı bunlardan bahsedeyim. Ben Ali Akkaya okula 2018 girişliyim. Şu an dördüncü sınıftayım. Bitirme projemi tamamladım. Bir taraftan bir şirkette neredeyse tam zamanlı olarak derslerimin olmadığı her gün stajyer olarak çalışıyorum. Bir taraftan da bitirme projesi olarak başladığımız bu projeyi devam ettirmeye çalışıyorum. Çünkü şu an sadece ana sonuçlara ulaştık. Tüm sonuçlara ulaşmamız içi biraz daha vakit gerek. Bu proje esasen geçtiğimiz yaz ayının sonlarına doğru başladı. Ben bitirme projeleri seçimlerimi yaparken özellikle makine öğrenmesiyle alakalı çalışan hocalarımla konuşup onlarla bir proje yapmak istediğimi söyledim. O süreçte Mehmet Gökhan hocamızla iletişim halindeydik. Kendi aklındaki fikirlerden bahsetti. Daha önce okumuş olduğu makalelerden veri setlerinden biraz konuşarak projenin ilk hali esasen birazcık ham kaldı ve devamında süreç içerisinde konuşa konuşa proje en son ilaç yorumları üzerinden yeniden konumlandırma çalışmasına kadar belirdi. Burada da şunu yapmaya çalışıyoruz. İlk başta bizim elimizde halihazırda toplanmış bir veri seti var. Bu veri seti, bir web sitesi üzerinden toplanmış hastaların ilaçlar üzerindeki, kendi etkileri nasıl hissettirdikleriyle alakalı bir text yorumları bir de onun üzerinden değerlendirmeleri. Biz burada özellikle psikolojik rahatsızlıkları toplayıp o hastalıklar için kullanılmış ilaçlar hakkında veri çıkarmaya çalıştık. Bunun için de bir etki alanı uzmanından destek aldık. Kendisinden bizim için bu hastalıkları belirlemesini istedik. Ve çalıştığımız örneklerini küçük tutmaya çalıştık
Burada şu da önemliydi bizim için: Psikolojik rahatsızlıklar için kullanılan ilaçlar daha çok deneyime yönelik olabilir. Yani sonuçta oradaki semptomlar bir metrikle ölçülmek yerine biraz daha kişisel deneyimle alakalı. O yüzden bir ilacın ne kadar etki ettiğini bir yorumdan almak daha uygun olabilir diye düşündük. Burada da etki alanı uzmanına bunu yine sorduğumuz zaman yani denemeye değer bir yol olduğunu bize söyledi. Devamında belirlediğimiz ilaç kümesi için daha farklı bir database olan SAMET diye bir veri setinden yardım aldık. Bu esasında sağlık alanında çıkarılmış tüm makalelerin özet kısımlarından aklınıza gelebilecek her türlü biyoinformatik kavramı için bir ilişki çıkaran veri seti diyebiliriz. Buradan her bir ilaç için esasen bir bilgi grafiği çıkardık. Bu bilgi grafiğinin içinde farklı farklı parametreler kullandık. Bunlar birlikte olduğu etkenler, etki ettiği etkenler gibi düşünebilirsiniz. Orada birden fazla farklı alanda farklı farklı grafikler çıkardık. Sonra bu grafikler içerisinde her bir ilacın diğer bir ilaçla benzerliğini karşılaştırdık. Ve bu benzerlikleri bir skora döktük. Bu skor üzerinden de ilk yorumların değerlendirmeye yapmaya başladık burada bulduğumuz benzerlik skorlarını yine uzmanla konuşup bunlar sizce tutarlı sonuçlar mı diye sorarak yorumlarını aldık. Bulduğumuz sonuçlarla aslında bir şeyi yeniden keşfetmedik ya da yeni bir ilacın başka bir hastalık için kullanılmasını teklif edebiliyoruz diyeceğimiz seviyeye gelmedik. Ama şunu görmüş olduk ki kullandığımız metodoloji doğru bir metodoloji. Ve halihazırda bir hastalık için kullanılan birbirine benzer ilaçları bulma konusunda problemsiz çalışabiliyor. Bunun devamında artık daha karışık modellerle yeniden bu benzerlik ölçütlerini değerlendirip yeni benzerlik skorlarıyla ilk başta hedeflediğimiz acaba şu an bizim belirlediğimiz hastalık grubu içerisinde kullanılan bir ilacın diğer hastalıklar için kullanılabilirliği var mı sorusuna da ilerleyen günlerdeki çalışmalarımızda cevap bulmaya çalışacağız.
Sanırım tüm süreci anlattım. Değil mi hocam?
-Evet.
Peki bu süreç sana ne kazandırdı?
Birincisi sistematik çalışma. Çünkü çok fazla deneme yanılma yaptığım bir çalışma oldu bu benim için. Her deneme yanılmayı sistematik bir şekilde tutup bunların birbirinden farkı neydi ve bu farklar bize neyi ifade ediyor görmem lazımdı. İkincisi yani bu bana çok uzak bir konu. Yani hastalıklarla alakalı pek bir şey bilmiyorum. Bunları nasıl yorumlayacağımla alakalı bir bilgiye sahip değilim. Burada özellikle sonuçları domainde çalışan biriyle tartışırken farklı bir alanda tecrübe etme şansına sahip oldum. Artık o hastalık için şu ilaçlar kullanılıyormuş gibi bir iki şey diyebiliyorum. Ya da bu ilacın kullanımı şöyle etkilere sebep oluyormuş gibi şeyleri söyleyebiliyorum. Ve ilk defa aslında akademik denilebilecek bir yazı yazmış oldum. Yani raporumun, bitirme raporunun iyi olduğunu düşünüyorum. Şu anda hocamla birlikte o rapor üzerinden çıkıp ara sonuçlarımızı göstermek adına bir konferans yazısı da hazırlamaya çalışıyoruz bu projeler için. Bitirme raporumu yazmak okuldan aldığımız İngilizce 102 dersinin üzerine yazdığım en akademik yazıydı. Ve yine keyifli bir süreçti benim için. Orada da öğrendiğim yeni yazma tarzları oldu. Bunun dışında teknik bir beceri olarak daha çok bana bir şey kazandırdığını söyleyemem. Teknik bir beceriden ziyade bu becerileri nasıl uygulayabilirim konusuna değinirsek bir problemin çözümü konusunda tecrübe edindirdi. Bu kadar söyleyeceklerim. Teşekkür ederim.
Biz de teşekkür ederiz
